千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声… 那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。 虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。 不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

小智一行人为了观看一千年才出现七天的千年彗星，而来到了某处，正好有移动式游乐园也到了这里。在游乐园内，他们认识了魔术师巴特勒与他的助手黛安。在表演中，小胜不时听到有人在呼唤他的声音，巴特勒得知后，并告诉他们有关基拉祈的事，同时将沉眠之茧交给他们。传说当千年彗星造访地球的时候，只要有心地纯真的人当搭档，基拉祈就能从沉眠之茧中苏醒七天，之后就会再次沉睡。基拉祈具有实现人们愿望的能力，表面和善的巴特勒，背地却想利用基拉祈的力量来达成自己的野心，小智等人有办法保护基拉祈吗？在这不可思议的七天七夜里，一场冒险即将展开！

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千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现… 立志成为出色的宝可梦训练家的小智、小遥和小胜，带著皮卡丘展开了新的旅程。 为了观看千年彗星出现的刹那，来到法恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与黛安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…。 那是在“沉眠之茧”中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝─基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。 虽然基拉祈只能停留短暂的7日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。 不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

日本播放的《宝可梦》系列动画分为不带小标题的无印篇动画和附带小标题的其他六部动画，附带小标题的6部动画在设定上根据各自的游戏版本而有所不同，并未按照季度划分。

宝可梦25周年纪念动画《宝可梦进化》（Pokémon Evolutions）。讲述8个地区的训练师和宝可梦一起成长的故事。

精灵宝可梦：世代是精灵宝可梦动画的短片系列，改编自每代的精灵宝可梦游戏。系列一共18集，每集长度3～5分钟，2016年9月17日（东8区时间）起每周于精灵宝可梦海外官方Youtube频道首播。

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《精灵宝可梦太阳&月亮》是日本东京电视系于2016年11月制播的精灵宝可梦动画的第六个系列，接档《精灵宝可梦XY》播出。 《精灵宝可梦太阳&月亮》是以第七世代游戏《精灵宝可梦 太阳/月亮》为基础制作的动画。 在《精灵宝可梦太阳&月亮》中，小智将前往阿罗拉地区，与同学莉莉艾、卡奇、水莲、玛奥、马玛内体验校园生活，目标为毕业。 在阿罗拉地区里，小智与皮卡丘将和新的宝可梦相遇，获得Z手环并学会「Z招式」。